Oberst Dr. Sam Daniels hat sich gerade von seiner Frau Robby Keough, die bei der CDC arbeitet, scheiden lassen. Aus heiterem Himmel wird er von seinem Vorgesetzten General Billy Ford beauftragt, mit seiner aus dem Wissenschaftler Casey Schuler und Major Dr. Salt bestehenden Crew eine tödliche, von einem Virus ausgelöste, Krankheit in einem afrikanischen Dorf zu untersuchen. Sie sind beeindruckt von der Krankheit, und Oberst Daniels berichtet General Ford über seine Erkenntnisse aus Angst vor einer Ansteckung in den USA. General Ford erzählt jedoch, dass die Krankheit so schnell tötet, dass sie ihr Land nie erreichen würde. Ein afrikanischer geschmuggelter Affenträger der Krankheit wird jedoch in die USA gebracht, und der Zollbeamte Jimbo Scott versucht erfolglos, das Tier zu verkaufen. Er lässt den Affen in den Wäldern frei und so verbreitet sich das Virus und führt zu einer Epidemie in einer Kleinstadt in Kalifornien. Nun müssen Oberst Daniels, seine Ex-Frau und ihre Teams gegen den unsichtbaren Feind kämpfen, während Oberst Daniels dunkle Geheimnisse seines Vorgesetzten General Donald McClintock entdeckt.