Der Film schildert die im Hochmittelalter entstandene Legende von der Päpstin Johanna, die im 9. Jahrhundert den Heiligen Stuhl besetzt haben soll.

Der rückständige Pfarrer des deutschen Dorfes Igelheim hofft, dass seine Söhne nach der Ausbildung in der bischöflichen Domschule seine Nachfolge antreten. Doch der Ältere von den beiden erliegt einer Krankheit, und dem Jüngeren fehlt jeglicher intellektueller Antrieb. Der Wanderlehrer Aesculapius sorgt dafür, dass gegen den Wunsch des Vaters auch die wissbegierige Tochter Johanna eingeschult wird. Da sie für das reine Jungenwohnheim ungeeignet ist, darf sie bei Graf Gerold bleiben, was die Eifersucht seiner Frau zur Folge hat. Sie soll entlassen werden, überlebt aber ein plünderndes Gemetzel der Wikinger und nimmt die Identität von Bruder Johannes an, um in ein Kloster einzutreten, wo sie Auszubildende der Krankenstation wird. Auf der Flucht vor der Bloßstellung als Frau kommt sie in Rom an. Als Protegé der rivalisierenden Kräfte am päpstlichen Hof wird sie schließlich zum Papst gewählt.

Es war seinerzeit durchaus üblich, dass Päpste eigene Kinder hatten, jedoch nicht, dass sie diese selbst gebären. Und eben dies wird der Protagonistin zum Verhängnis, das sie das Kind des Grafen Gerold in sich trägt.