Eine mysteriöse Explosion schickt einen Tsunami auf die Stadt Atlantis zu. Während der Evakuierung wird die Königin von Atlantis in einen seltsamen schwebenden Kristall gehoben und lässt ihre verzweifelte Tochter Kida zurück. Der Kristall verschmilzt mit der Königin und bildet eine Kuppel, die den innersten Bezirk der Stadt schützt, und Atlantis versinkt in den Wellen.
Fast 8.000 Jahre später, im Jahr 1914, entdeckt Milo Thatch - ein tagträumerischer Linguist am Smithsonian - die Existenz des "Shepherd's Journal", eines Manuskripts, das den Weg nach Atlantis enthält. Nachdem Milos Vorschlag, nach dem Journal zu suchen, vom Museumsvorstand abgelehnt wird, stellt eine mysteriöse Frau, Helga Sinclair, Milo Preston B. Whitmore vor, einem exzentrischen Millionär. Whitmore hat bereits einen erfolgreichen Versuch finanziert, das Journal als Rückzahlung einer Schuld an Milos verstorbenen Großvater zurückzuholen, und rekrutiert Milo, um das Journal zu entziffern und an einer Expedition nach Atlantis teilzunehmen.


Stilistisch hervorragend gestalteter Zeichentrickfilm, der ein rasantes Spektakel bietet, aber mit Dingen wie Charakterentwicklung geizt.