Der Film folgt den Abenteuern der 4 Schildkröten: Leonardo, Donatello, Michelangelo, Raphael und ihr Meister Splinter. Ausgehend von den Ereignissen des letzten Films kehrt der Bösewicht „The Shredder“ zurück, um das Kommando über den Foot-Clan zurückzuerobern und Rache an den Turtles zu nehmen. Als er das Geheimnis von der Mutation der Turtles erfährt, wird er gefährlicher denn je. Der Film erläutert ein wenig die Ursprünge von Splinter und den Turtles und stellt zwei neue Schurken vor: Tokka und Rahzar.

Im Gegensatz zum ersten Film werden selten die Einsätze der Waffen der Schildkröten gezeigt. Stattdessen kämpfen sie während eines Großteils des Films mit bloßen Fäusten, als Teil eines Versuchs, die Gewalt der vorherigen Folge abzuschwächen.


Ganz auf den Geschmack und die Bedürfnisse des Teenie-Publikums zugeschnitten, gehen die "Turtles" nach ihrem Sensationserfolg von 1990 in die zweite Runde. Die mit effektvollen Stunts inszenierte Fortsetzung ist dennoch zähflüssig und einfallslos und kommt nicht über das Mittelmaß hinaus.