Unbemerkt von der Öffentlichkeit gibt es eine Agentur namens MiB. Diese ist eine Art außerirdische Überwachungsgesellschaft. Die Men in Black erteilen Aufenthaltserlaubnisse für Aliens und kümmern sich vor allem darum, dass sich diese auf der Erde nicht allzu sehr danebenbenehmen. Dann wirbt einer der besten Männer der Agentur, der nur den Namen "K" (Tommy Lee Jones) trägt, neue Mitarbeiter an. Er hat sich für James Edwards (Will Smith) vom NYPD entschieden. Dann, eines Tages, stürzt eine fliegende Untertasse auf die Erde. Es handelte sich um einen Außerirdischen, der zur Rasse der bösartigen "Schaben" gehörte. Die hochintelligente Lebensform nimmt die Gestalt eines Farmers (Vincent D'Onofrio) an und macht sich auf den Weg nach New York um dort eine Superenergiequelle namens "Die Galaxie" an sich zu reißen. Nun müssen die Agenten J und K die Schabe aufhalten, bevor er mit der Galaxie entkommen kann.