Nachdem die 3 jungen Baudelaire Geschwister durch einen mysteriösen Brand ihres Elternhauses verwaist sind, werden sie zu ihrem entfernten Verwandten, dem Grafen Olaf (Jim Carrey), gebracht. Unglücklicherweise ist Olaf ein grausamer, intriganter Mann, der nur hinter dem Erbe, das die älteste Baudelaire, Violet (Emily Browning), erhalten soll, hinterher ist. Die Kinder fliehen und finden Unterschlupf bei ihrem schrulligen Onkel Monty (Sir Billy Connolly) und anschließend bei ihrer phobischen Tante Josephine (Meryl Streep), aber der listige und hinterhältige Olaf ist ihnen immer dicht auf den Fersen.

Innerhalb märchenhaft-skurriler Welten und Kulissen des Fantasy-Films müssen die 3 Geschwister unheimliche, abenteuerliche und heimtückische Episoden überstehen.
Violet ist mit 14 Jahren die älteste der Baudelaires und ist ihre mutige und schnell denkende Anführerin. Der einzige Junge ist das mittlere Kind Klaus, 12 Jahre alt, der äußerst intelligent und wortgewandt ist. Die jüngste ist die kleine Sunny, die in einer Sprache spricht, die nur ihre Geschwister verstehen, und sie neigt zum Beißen.