In den 1870er Jahren wird Captain Nathan Algren (Tom Cruise), ein zynischer Veteran des amerikanischen Bürgerkriegs, der für jedermann arbeitet, von Amerikanern angeheuert. Diese hoffen auf lukrative Verträge mit dem Kaiser von Japan. Die Aufgabe von Nathan Algren besteht darin die japanischen Wehrpflichtigen für die erste stehende kaiserliche Armee in moderner Kriegsführung mit Schusswaffen auszubilden. Die erste Priorität des kaiserlichen Omura-Kabinetts (Masato Harada) besteht darin, eine Rebellion traditionalistischer Samurai, (Mitglied des Kriegerstandes), zu unterdrücken. Die Samurai sind der heiligen Dynastie treu ergeben, lehnen aber die Politik der Verwestlichung und auch Schusswaffen ab.

Doch als die schlecht vorbereitete neue Armee zu früh aufbricht, erlaubt ihre Panik den schwertschwingenden Samurai, sie zu vernichten. Schwer verwundet, lässt Algrens mutige Haltung den Samurai-Führer Katsumoto (Ken Watanabe) sein Leben verschonen. Nachdem er gesund gepflegt wird, lernt er die alte japanische Lebensweise kennen und respektieren und beteiligt sich als Berater an Katsumotos gescheitertem Versuch, die Bushido-Tradition zu retten, doch Omura erlässt repressive Gesetze. Algrens muss sich nun entscheiden wem seine Loyalität gilt, wenn die verbitterten Fronten auf das Schlachtfeld zurückkehren.