In einer geheimen unterirdischen Einrichtung namens "The Hive" ist ein Virus entwichen, das die Mitarbeiter in hungrige Zombies verwandelte und die mutierten "Labortiere", die sie untersuchten, freisetzte. Der mit künstlicher Intelligenz ausgestattete Zentralcomputer, genannt Red Queen, fährt die Basis automatisch herunter und versiegelt sie, um eine Epidemie zu verhindern.

Der Mutterkonzern (Umbrella Corporation) schickt eine Eliteeinheit des Militärs, wo sie Alice treffen, die aufgrund der Einwirkung von Nervengas an Amnesie leidet. Das Militärteam muss den Zentralcomputer herunterfahren und sich nach draußen kämpfen, vorbei an den gefräßigen Untoten und dem Zentralcomputer selbst, bevor das sogenannte T-Virus entweichen kann und den Rest der Welt infiziert. Alice muss sich auch mit ihren langsam zurückkehrenden Erinnerungen arrangieren.