Als die Rundreise des neu getauften Raumschiffs Enterprise schlecht verläuft, brachten Captain Kirk und seine Crew das Schiff zur Reparatur ins Raumdock. Aber eine dringende Mission unterbricht ihren Landurlaub auf der Erde. Ein abtrünniger Vulkanier namens Sybok (der Halbbruder von Spock) hat 3 Botschafter auf Nimbus III, dem Planeten des galaktischen Friedens, als Geiseln genommen. Dieses Ereignis erregt auch die Aufmerksamkeit eines klingonischen Kapitäns, der sich einen Namen machen will und sich aufmacht, die Enterprise zu verfolgen. Syboks zerlumpte Armee erobert die Enterprise und nimmt sie mit auf eine Reise ins Zentrum der Galaxie auf der Suche nach dem Höchsten Wesen.