Alice erwacht aus einem schrecklichen Schlaf, um festzustellen, dass sich ihre schlimmsten Befürchtungen bewahrheitet haben - die blutrünstigen Untoten, für deren Vernichtung sie und die jetzt annihilisierte Elitetruppe des Militärs gekämpft haben, wurden auf die Stadt, die die geheime Einrichtung der Umbrella Corporation umgibt, losgelassen.

Als Alice herausfand, dass es sich bei ihr um ein Umbrella-Experiment handelte, wurde sie biogenetisch mit neuen Stärken, Sinnen und Geschicklichkeiten ausgestattet - und die wird sie auch brauchen.
Im Herzen der verwüsteten Raccoon City kämpft eine kleine Gruppe nicht infizierter Menschen, darunter Jill Valentine, ein kürzlich degradiertes Mitglied des Elite-Teams für Spezialtaktiken und Rettungsdienste von Raccoon City, und der Sicherheitsbeauftragte der Umbrella Corporation, Carlos Oliveira, um ihr Leben gegen Schwärme von Untoten und die tödlicheren und schnelleren Zombies.
Da der Gruppe das Glück und die Ressourcen ausgehen, wird sie von Alice gerettet, und sie beginnen einen aufregenden Kampf ums Überleben und die Flucht, bevor die Umbrella Corporation ihr Experiment vom Angesicht der Erde tilgt. Ihre einzige Hoffnung liegt irgendwo in der Raccoon City - Dr. Charles Ashford, einer der führenden Wissenschaftler der Umbrella Corporation, wird Alice und den anderen helfen, sicher aus der Stadt zu entkommen - falls sie seine Tochter finden. Angie Ashford wurde von ihrem Vater getrennt und versteckt sich nun in Angst.
Alice, Jill und Carlos werden sich durch eine Armee von Untoten kämpfen müssen, um sie zu retten. Die ganze Zeit über wurde eine Geheimwaffe mit dem Codenamen Nemesis experimentell verändert, die stärker modifiziert wurde als Alice und darauf programmiert ist, sie aufzuspüren und zu zerstören. Sie werden all ihre Kräfte und Fähigkeiten brauchen, um den Kampf ihres Lebens gegen das sinnlose Böse zu führen, das die Stadt infiziert hat, und gegen die mächtigen Kräfte, die sie auf die Menschheit losgelassen haben.